程本直被袁崇焕的正直善良感动，决定留下来为他效力。王在晋上书朝廷，弹劾袁崇焕拥兵自重，公然带兵冲击经略府衙，天启皇上让兵部尚书崔成秀当众读出奏折，崔成秀恳请皇上撤掉袁崇焕，皇上听信王在晋的一面之词，对袁崇焕很失望。

范文程得知努尔哈赤狠狠教训了莽古尔泰，就是因为他屠杀无辜百姓，表面上是吧其他三兄弟支开，其实就是故意让他们听到，起到杀一儆百的效果，范文程对努尔哈赤佩服得五体投地，他还向皇太极汇报了一个好消息，王在晋和袁崇焕之间起了嫌隙。

孙承宗主动站出来为袁崇焕辩解，还搬出王在晋贪墨官银的事，并且说明王在晋和袁崇焕之间的嫌隙全是因为八里堡重城，他提议让皇上分别下旨让王在晋和袁崇焕各自思过，再派一个钦差大人前去山海关彻查此事，皇上当即决定让孙承宗做钦差。魏忠贤很恼火，一下朝就向情妇客氏大发牢骚，大骂孙承宗是老狐狸，想趁孙承宗不在京城的时候对付杨涟等人。

王在晋和满桂列队欢迎孙承宗，可孙承宗根本不领情，还借口身体不适拒不接见王在晋，王在晋不想坐以待毙，又担心袁崇焕先向孙承宗告状。孙承宗不请自来，看到程本直和袁崇焕正在商议稳固边防的对策，就没有打扰他们，袁崇焕转身看到孙承宗，孙承宗开门见山提醒他要以大局为重，绝不可以冲动行事，程本直赶忙跪倒向孙承宗赔礼道歉。

王在晋带着辽东的同僚来见孙承宗，孙承宗直截了当询问他和袁崇焕的嫌隙，王在晋口口声声称已经把所有账目都整理清楚，并拿来让孙承宗查阅，孙承宗看完账目，没有发现任何异常，孙承宗不动声色随手拿出一块玉印，声称是翻墙而入的盗贼从他府中所偷，多亏守城御史当场抓获，孙承宗决定在四周加一层院墙来防范盗贼，王在晋当场提出质疑，觉得加多少层院墙也无法抵御盗贼，王在晋突然意识到孙承宗的用意，就是想阻止他在八里堡建重城，顿时哑口无言。

孙灵汐也想不明白袁崇焕为何拼命反对王在晋修建重城，袁崇焕声称努尔哈赤的铁骑骁勇善战，即使多加一道城池也未必能阻挡，不但劳民伤财，反而会成为明军撤退的障碍。与此同时，孙承宗当面揭穿王在晋不抓紧时间想出御敌之策，向朝廷要了三百万两银子建重城，这是三十万边军十年的俸禄，王在晋百般狡辩，孙承宗被彻底激怒，要用尚方宝剑把他处死，王在晋吓得惊慌失措，自愿辞去辽东经略的职务。

孙承宗给皇上送回一些工程图纸，小太监突然发现图纸旁边还加了一段话，孙承宗已经查明王在晋贪墨官银的罪行，而且王在晋已经自动辞官。魏忠贤站在一边气得咬牙切齿，立刻让薛公公偷偷把那个多嘴的太监除掉，还派不认字的太监服侍皇上，担心孙承宗和其他官员趁机向皇上进言，紧接着魏忠贤派东厂指挥使许显纯查封了熊廷弼的旧部。

许显纯来诏狱找熊廷弼摊牌，只要他拿出四万两银子，就可以放他出去，熊廷弼却视死如归，把魏忠贤骂得狗血喷头。许显纯不敢耽搁，向魏忠贤如实汇报，魏忠贤当场决定把熊廷弼杀了。袁崇焕向孙承宗汇报，他让祖大寿亲自负责宁远城的加固和防守，而且兴水县堡的城防也开始动工，孙承宗对他千叮咛万嘱咐。

薛公公带来一个孙大圣的玩偶讨好皇上，皇上无意中发现旁边有一行小字，声称皇上是傀儡，薛公公谎称是在熊廷弼的府上哪来的，皇上当即决定处死熊廷弼，魏忠贤借刀杀人的计划终于圆满完成，他心中暗喜。孙灵汐偷偷祭拜熊廷弼，不由地想起自己被冤死的父亲，孙承宗很自责，十三年前他人微言轻，只能眼睁睁看着孙灵汐的父亲被处死，现在又看着熊廷弼惨死却束手无策，孙承宗的心里很不是滋味。

范文程得知熊廷弼被杀，他的心里很难受，他的父亲一心为国，却含冤而死，范文程发誓要斩尽大明所有的贪官，为父亲报仇雪恨。袁崇焕想起熊廷弼对他的嘱托伤心不已，他和祖大寿跪在孙承宗的府门口，苦苦恳求孙承宗，要领回熊廷弼的尸体，让他入土为安，孙承宗也无可奈何，让他以大局为重，带兵加固宁远城的防卫。