狄府外重兵把守，狄仁杰见此便让元芳马上去将张柬之和国师弘毅请到府内，然后再查探下近期内是否有武氏子弟意外身亡的消息。狄府前门重病把守他们自是进不去，邻居家的密道也走不得，狄仁杰只好巧用爆竹之计从后门中的暗道回进入狄府。

狄春不解狄仁杰为何不留在沈府，反倒要重回狄府。狄仁杰只道自己家里才是最安全的，他在狄府发现了四个可疑的点。第一，打扫房屋让客人入住是人之常情，但是将客厅布置一新则大可不必。第二，这种大户人家端茶的理应是女仆，他却用了一个笨手笨脚的壮汉，还有这个仆人的服饰和新用的抹布都是新的，这不合常理。第三，这个仆人洒了茶水之后慌忙道歉，说在下该死，在下这个词一般是江湖中人才用得到。第四点则是那个香炉，他在香炉上发现了血迹，联系到这一系列的反常，他猜想在他们到达之前那里可能发生过一场血案，所以这才将客厅布置一新，目的就是为了伪造现场。

张柬之与国师到府后，狄仁杰将此行的收获告诉了他们。阳明宫不过是几间破草屋而已，别说是青铜树，就连一件青铜器皿他们都未曾找到，不过倒是找到了一个三辰仪。国师一见到三辰仪便认出了此物，此物乃是他的恩师李淳风精研多年之物，能察天象识地理，神秘莫测。话毕，他拿出了一张青铜树画纸一番侃侃解说。调查阳明宫一事只有国师与太平公主两人知晓，可消息却无端走漏，现在国师对着这三辰仪又一番侃侃解说，还带着图纸，狄仁杰突然想起忘风道长的坐化极有可能还有另一层含义，现在他最好的办法就是与之周旋，因势利导。

国师带着图纸和三辰仪给狄仁杰、张柬之做了进一步的研究和讲解。而另一边，元芳也奉命来调查武氏子孙的灵堂，他到棺木旁查看却意外发现棺木底是空的，恰巧此时，灵堂旁边的一密室打开了门，几人从密室中走出。待几人走远后，元芳进入了密室查看，密室之中是一处染坊，蹊跷的是里边所染的布居然是黑色的，而且邙山寺的供奉的那尊蛇妖像也出现在了这里，元芳想上前查看却无意中发现了另一些东西，在沉家堡攻击他们那些人所穿着的黑衣服、箭头以及黑蛇，元芳看这一切似乎是明白了什么，他收集了一块黑布打算带回去给狄仁杰查看。

密室之中突然出现了另一神秘黑衣人，元芳与她交起手来，最终神秘黑衣人被元芳打倒在地。元芳上前揭开了黑衣人的面罩，这才发现她居然是南雁。两人离开了密室之后元芳问起南雁是否跟踪他，南雁只道元芳想太多了，便向前离去。

国师向狄仁杰和张柬之讲解了青铜树其中的玄妙，狄仁杰认为此事有必要让朝中百官知晓，而他现如今是戴罪之身不便出面，此事只好让张柬之来完成。国师和张柬之离开后，元芳也回到了狄府，他告诉狄仁杰事情确实是如狄仁杰所料，现所有的线索他已经掌握了，狄仁杰决定明日就开始反击。

第二日，张柬之在朝堂之上告诉众人他已经破解了青铜树的秘密，他让武三思在今晚子时将文武百官召集到上阳宫的青铜树前，他将为众人揭密。子夜时分，国师带着三辰仪来到了青铜树前，他将三辰仪放到了青铜树前道出一番深刻含义的话，武三思认为国师与张柬之就是在胡说八道，妖言惑众，便想命人将他们押入大理寺。恰巧此时，太平公主带着另一节青铜树枝也赶到了上阳宫，她将青铜树枝安上去之后国师道出了青铜树上的偈语，偈语中有着挽救武周王朝的办法。

武三思与武懿宗认为国师就是在危言耸听，两人仗着自己手中的权力想以太平公主盗走青铜枝条，挟持陛下为由拿下太平公主，太平公主亮出了自己的免死金牌，可两人还是依旧不肯罢休。就在此时，国师身旁的随从却亮明身份，站了出来为太平公主说话，原来这两人竟是戴着人皮面具的狄仁杰与李元芳。

狄仁杰告诉众人取走青铜枝条和转移陛下一事皆是他与元芳所为，与太平公主无任何关系。武三思听此还想仗着自己的权利取了狄仁杰的性命，狄仁杰听道他的命只有当今天子才可以定夺。话毕，他便请了武则天出来临朝听政。武三思和武懿宗看到武则天都大吃一惊，连忙声声为自己辩解，将事情都推到了狄仁杰身上。幸亏是武则天明察秋毫，她一道旨意恢复了狄仁杰的官位。

朝堂上，狄仁杰为众人解开疑惑。原来从大震以来所发生的种种案件均是一个危害天下且图谋深险的逆贼组织所为，他们的目的便是要借天灾而兴人祸，先以蛇虫制造恐怖舆论，继而以夺粮撼动朝廷的权威，然后将这一切都假以天罚的借口蛊惑民心，崩溃朝政，最后便趁着天下大乱之时，用抢夺来的赈灾粮笼络灾民，以响应他们振臂一呼，与武皇争夺天下。

武则天对狄仁杰此次立的功劳大加赞赏，随即狄仁杰也为他们解开了青铜树中玄机。凶手在青铜树上下了剧烈的蛇毒，而武皇与太平公主所用的唇纸之中也潜藏着毒素，两种毒素能够相互作用，通过呼吸进入人体，毒发伤人，因此武皇和公主是将此毒素吸入了体内，这才先后中毒。