曼哈顿区的发生严重车祸，货运卡车撞进大桥底座，造成人员死伤。斯科蒂没想到这种事竟然会惊动中情局，害得自己一大早就要赶往现场。抵达现场后，斯科蒂才知道底座下别有洞天，是中情局设在国内的黑监狱，关押的都是从各国抓来的被俘人员。中情局内部称这个机密项目为“达文波特行动”，具体实施是由一家私人公司负责，目前公司执行人杰克正在转移囚犯和监狱内的所有监控摄像设备。事故中有五人越狱，斯科蒂的任务就是秘密找回这些混入曼哈顿街区的囚犯，避免公众恐慌。

根据杰克提供的资料，逃脱的五人中，除了一名美国黑客，其他几人都是声名狼藉的恐怖份子。斯科蒂安排杜蒙特调取各街口的监控录像；内斯回车祸现场查找蛛丝马迹；汤姆则与国安局联系，以潜在国家安全威胁为由，对整个曼哈顿地区实行封锁。做好布置后，斯科蒂回到小会议室，还有更重要的事要处理。曾为霍华德工作的资深间谍带来了更多的资料，证明克里斯多夫还活着，有法院公文证明他被弗兰克和伊娃收养。躲在门外偷听的汤姆背后直冒冷汗，这正是养父母的名字，只要斯科蒂打个电话，就能发现汤姆的身份。

这时，在现场调查的内斯发来消息，肇事卡车有人为加固的前保险杠，可以肯定事故是精心预谋的。从小会议室出来的斯科蒂立即命令汤姆和内斯前往医院，提取肇事司机口供。但做贼心虚的卡车司机在逃跑途中被撞身亡，失去了一条重要线索。

杜蒙特截获到一条报警电话，也算是为抓捕工作提供了新的线索。报警人称有人闯入，闯入者穿着监狱常用的灰色连体衣。汤姆和所罗门立刻行动赶在警察前到达报警人所住公寓。公寓里除了已被捆住手脚的报警人，还有三人，正是要找的逃犯。以汤姆和所罗门的身手，制服这三人并不困难。困难的是怎么对付已到门口的警察，中情局在境内设立黑监狱属于违法行为，绝不能让外界知道。汤姆便假冒报警人，想支开警察。可两名警察执意进屋确认安全，屋内的所罗门灵机一动，穿上灰色连体衣，拿起水管旁的扳手，假装水管工。见到警察进门，所罗门抱怨汤姆因为他的黑人身份就报警，是种族歧视。汤姆大声反驳，吵得不可开交。警察最怕遇到这种扯皮事情，也不再到其他房间检查，赶紧走人了事。

越狱的五人中已抓到三人，还必须加快进度。曼哈顿的封锁状态已经引起了媒体的关注，正在向政府施压，要求公开封锁的具体原因。越狱的幕后策划者到底是谁，还要从剩下的两名逃犯里寻找。就在斯科蒂布置调查工作时，汤姆有些心不在焉。他联系了父亲霍华德，一找到机会就赶到公园与父亲见面。汤姆担心自己的身份曝露，霍华德却表现得毫不在意，只是一味追问汤姆是否听到斯科蒂提到过“怀特厅”。见汤姆过于紧张，霍华德索性直接告诉他策划越狱的幕后黑手就是逃犯之一的布莱恩·梅休，那名美国黑客。

汤姆还没来得及询问详细情况，霍华德就离开了公园。回到公司后，汤姆谎称有匿名线人通报是布莱恩策划了越狱。这让斯科蒂很讶异，调查资料的确显示是布莱恩通过网络向卡车司机汇钱。只不过汤姆那幅吞吞吐吐，眼神游离的表情让斯科蒂起了疑心，私下安排所罗门退出抓捕逃犯的任务，转而对汤姆进行秘密调查。

布莱恩曾组织过黑客联盟，攻击政府机构窃取机密信息是家常便饭，有能力策划袭击黑监狱也并非不可能。鉴于布莱恩的背景，杜蒙特想到了自己的弟弟弗林，一名激进的黑客份子。于是杜蒙特来到弟弟常去的小饭馆，在索要布莱恩下落无果后，再返回车上。坐进车子时，他没看到内斯在慌忙的擦拭着鼻涕，否则应当会想到内斯并没有真正戒毒，而是在霍华德“死”后，再次复吸。杜蒙特从没想过弟弟会亲口告诉他布莱恩的情况，这次来只是为了打草惊蛇，弗林一定会在他离开后第一时间向布莱恩发出警示。果然，杜蒙特刚坐上车，移动记录仪就收到弗林手机发出的信号，拨打号码清楚的显示在屏幕上。

根据手机号码追踪，汤姆和内斯很快就追查到一处隐蔽的公寓。但公寓里除了几台电脑，其他空无一物。电脑屏幕上是某豪华酒店的内部监控，电脑硬盘上还有一名住客的录像。通过联系酒店前台，知道这名住客叫阿德勒，刚刚因心脏病送往了医院。看来已经被布莱恩抢先了一步，汤姆和内斯赶到医院，从阿德勒夫人的口中得知阿德勒到纽约是为了参加七人组的钥匙仪式。对这个仪式，杜蒙特非常清楚。七名随机选择的网络安全员掌握了七把网络公钥，每年四次聚首生成新的网络密钥，以防范黑客等不法份子。谁掌握了密钥就相当于掌握了整个网络，可以在网络里为所欲为，进入所有网站盗取信息。现在阿德勒发病，那接替他参加钥匙仪式的人就有重大嫌疑。

汤姆和内斯火速前往仪式地点，正好抓到布莱恩利用密钥入侵网站，下载其中的资料。从网站名称，杰克确认是公司用于备份国安局资料的不公开服务器。但布莱恩并没有想逃走的意思，将资料复制到U盘上后平静的交给了汤姆，他要证明自己是被国安局构陷入狱。

凯特也带来了好消息，一名逃犯在机场被抓，加上正被汤姆押送回哈尔西恩的布莱恩，五名逃犯全部抓获。可就在押送途中，汤姆的车辆遭到不明武装份子袭击。汤姆和内斯押着布莱恩被迫在一家仓库里周旋。在成功引开袭击者并击毙一人后，汤姆和内斯开着袭击者的车辆，总算安全回到了哈尔西恩。

根据布莱恩的供述，当年他被指控在网咖内向伊朗发送美国导弹设计图纸，纯属捏造罪名。国安局每天都会利用黑客技术通过摄像头收集影像，布莱恩下载的就是当天网咖内的场景。在反复观看了网咖里的情况后，内斯惊讶的发现被自己击毙的袭击者也出现在其中。这种巧合不能不让人产生怀疑，进一步调查发现此人是隶属于杰克的公司。陷害布莱恩的不是国安局，而是杰克。面对这些证据时，杰克矢口否认，可马上就露出了马脚。汤姆从被击毙的袭击者身上拿到了手机，悄悄回拔上一次通话后，杰克的手机果然响了起来。杰克并不知道自己派去的人已经死亡，还低声下令撤退。当电话那头传来汤姆的声音时，杰克彻底傻了眼。即使他辩称自己的行动是为了让国家提高对网络安全的关注，只是这样的说辞并不能帮助他免除牢狱之灾。

布莱恩洗刷了冤屈，公司也完成了任务，从中情局取得了可观的报酬。但斯科蒂却高兴不起来，就在汤姆出生入死时，她满怀希望的拜访弗兰克和伊娃。事情往往是希望越大，失望就越大。看到照片里，孩子脖子上有块克里斯多夫没有的胎记，斯科蒂的心情瞬间跌入谷底。作为女人她需要有人倾述。特雷弗就是这方面最好的男公关，斯科蒂每每有不顺心的时候，都会去找善解人意的特雷弗。但她并不知道英俊帅气的特雷弗与助理凯特有私情。

斯科蒂不知道的事并不限于特雷弗，还有为她提供资料的间谍其实仍在为霍华德工作。汤姆在霍华德家里见到他时，心里就是暗暗吃惊。难怪霍华德不担心斯科蒂调查克里斯多夫，他早就安排好了这一切，用张假照片让斯科蒂的希望破灭。直到这时汤姆才能放下心里的大石头，了解一下霍华德所说的“怀特厅”。原来霍华德曾在无意中发现公司预算里有个“怀特厅”的秘密项目，项目所在地是远在南非的仓库。在派人前往后，发现仓库空空如也，像是事先得到通知已全部转移。霍华德找过特工调查，结果特工神秘消失。从那以后，斯科蒂就开始排挤霍华德，并极力在董事会面前证明霍华德无法胜任工作，直至采取暗杀，制造飞机失事。所以霍华德把调查“怀特厅”的希望都放在了汤姆身上，只要汤姆赢得了足够的信任，就能从斯科蒂的口中得到“怀特厅”的真相。