菲利普斯将军专程来找斯科蒂，商量有关“北极星行动”。他军装上那四颗星，完全可以证明该计划的重要性。可斯科蒂却根本不知道这项军方与霍华德已策划了几个月的秘密计划，根据军方提供的资料她才明白来龙去脉。

原来美国卫星在俄罗斯中部的乌拉尔山脉旁发现一处小镇，但飞行器探测却没有显示。一个小镇需要用电子干扰防备高空监视，这不能不让美国情报部门有所疑心。因此军方与霍华德准备策划一起空难事故，坠机地点就在小镇旁边，借调查事故的机会进行近距离拍摄。目前军方借助远程遥控技术，将一架载有十几具尸体的双引擎飞机坠落在指定地点。官方文件确认该飞机是用于国际救援，俄罗斯政府为避免纠纷只能请国际运输安全委员会赴现场调查事故原因。汤姆和所罗门以调查员身份抵达了现场，开始侦查工作。所罗门趁人不备割开油管，制造燃油泄露爆燃。汤姆趁乱离开现场，穿过丛林潜伏在小镇附近远距离拍摄内部情况，并在俄罗斯军队发现前及时撤离。

汤姆拍摄到的照片有些诡异。小镇表面上看很普通，可内部都是英文标识，并插着美国国旗，镇口木牌上用英文写着“独立镇”。小镇上居民的装束、车辆以及店铺装修风格与普通的美国小镇没有区别，这让斯科蒂首先想到的就是冷战期间苏联人翻造美国小镇用以培训能融入美国社会的特工。但这是很古老的方法，现在全球联网的身份系统让这样的特工无所遁形。要想弄清楚小镇里的秘密，必须派人进去卧底。能办成此事的只有瓦迪姆，一名被斯科蒂握有把柄的俄罗斯联邦安全局特工。

在瓦迪姆的推荐下，汤姆和内斯以联邦安全局探员身份卧底“独立镇”培训计划。在出发前，汤姆和霍华德见了次面，因为汤姆总有些担心。汤姆曾偷听到斯科蒂与助理凯特的对话，知道霍华德服用过抗抑郁类药物，并在自行停药后行为变得异常。而且斯科蒂正在重新审核霍华德签过的合同、每一笔账目，看看霍华德还隐瞒了什么秘密。汤姆担心斯科蒂会追查到他的真实身份，可霍华德不愿谈这些，而是更关心“北极星行动”，要求汤姆务必前往独立镇。霍华德这样遮遮掩掩的态度，让汤姆有些无所是从，感觉无法看透自己的父亲和母亲。

汤姆和内斯按计划在莫斯科等候专人接头。一辆面包车驶来，经过搜身核对暗号后，两人上了车，跟车上其他人一起来到位于深山中的独立镇。进入小镇前，各人的私人物品全部没收，换上提供的衣物，并进行复杂的登记、拍照工作。随后各人被分配新的身份，进入小镇。按规定，只允许饮用配发的瓶装水，也只能讲英语。内斯喝了一口水就知道有问题，她曾因战后心理创伤服用过很多药物，还因此上瘾。是霍华德帮助她戒毒，所以才进入了哈尔西恩公司。她知道瓶装水中含有微量药物，让饮用者降低戒心，易于服从安排。

汤姆以指定的身份回到“家”，手上还带着配发的结婚戒指。不得不佩服“妻子”辛西娅的专业精神，她的体贴温柔，就像已和汤姆结婚多年。辛西娅带着汤姆一起拜访邻居，参加生日宴会。这些居民除了偶尔会被一些美国俚语难住之外，根本看不出与普通美国人有何区别。内斯的新身份有个弟弟皮特，可就在内斯进入小镇的第二天，皮特就被转移去美国。临走前，皮特并不开心，偷偷的告诉“姐姐”此去就再也不会回来。这句如同诀别的话，让内斯心生诧异。

小镇里看似平静，其实处处有摄像头和监听设备。汤姆假装四处闲逛，寻找指挥中心的地点。此时内斯接到所谓银行面试的电话，其实是要测试她对身份的熟悉程度。不过面试人员除了问些问题，还动手动脚。内斯忍无可忍，狠狠教训了他一顿。就在内斯以为会招惹怀疑时，她好斗的性格反而让培训主管觉得她已适合执行任务。当内斯看到任务资料时才知道自己被指派的身份并非虚构，在美国的确有这样一个人。此人的外貌、肤色、身材与内斯非常相似，只需做几个小整容手术，内斯就可以完全替代她，在美国以合法身份开展间谍活动。

既然已经知道了独立镇的秘密，就必须尽快将相关情报送到哈尔西恩，何况内斯也不希望自己脸上被人动刀子。最快的方法就是找到指挥中心，将其中的数据发送给杜蒙特。汤姆和内斯趁着夜深人静时分，偷偷来到小镇市政厅，指挥中心就在市政厅的地下。由于联邦安全局从未想到自己培训的特工里会有美国特工混入，汤姆和内斯轻而易举的就控制了指挥中心。不过汤姆也有一件事没有考虑到，他刚从床上起身，一旁“熟睡”的妻子就睁开了双眼。这里本身就是间谍的世界，对你再温柔的人也会随时变成另一副面孔。

培训指挥官在接到辛西娅的举报后，立刻采取行动，切断了指挥中心内部网络，并派出武装人员包围指挥中心。杜蒙特利用短暂的接收时间，查到包括皮特在内的三名被派往美国的“独立镇”特工，以此为线索成功解除一次炸弹袭击威胁。可汤姆和内斯却要靠自己冲出指挥中心，就在俄罗斯武装小队在指挥中心的闸门前安置炸药准备爆破时，门内的汤姆突发灵感，将高压电线连在闸门上。随着电闸拉下，闸门瞬间附带上万伏特电压。雷管受电流影响提前引爆，没有心理准备未来得及隐蔽的武装人员被自己的炸药炸得支离破碎。逃出市政厅的汤姆碰到了拿着手枪的妻子辛西娅。辛西娅要为了祖国“大义灭亲”，只可惜被找到逃生车辆的内斯撞飞，没能完成杀敌心愿。

汤姆和内斯在救援小组的帮助下顺利回到美国，第二天卫星照片上就显示“独立镇”只剩下一个大坑，被完全从地球上抹去。死里逃生的汤姆却还在担心另一件事，斯科蒂是否有所发现。汤姆和内斯在独立镇的几天里，斯科蒂和所罗门也没闲着。凯特查到公司的CFO替霍华德建立秘密账户，进而查到账户的钱流向一名隐藏极深的中情局间谍。在重金利诱下，间谍说出了霍华德在寻找儿子，并提供了当初提供给霍华德的资料。现在斯科蒂也知道自己的儿子还没死，誓要找到儿子克里斯托夫。

斯科蒂的发现，让汤姆暗暗心惊，他找到父亲霍华德。可霍华德还是那副态度，只关心“北极星行动”的成果。当他听到“独立镇”培养的特工替代真实存在的美国人后，提出了更耸人听闻的想法。在克里斯托夫失踪的两个月后，斯科蒂曾发生严重车祸，在医院呆了几个月时间。出院后的斯科蒂就变得和以前不一样，霍华德相信真正的斯科蒂已死于三十年前的那场车祸，现在的斯科蒂就是来自“独立镇”的替身。