公元1521年四月二十一日，朱厚熜抵京登基，年号嘉靖。登基后的第六天，大臣张慎联合众臣上书，要求嘉靖尊孝宗为皇考，尊父亲兴献王为皇叔考，母亲蒋王妃为皇叔母。蒋王妃得知消息，勃然大怒，拒绝进宫，并且一病不起。李言闻照料太妃有功，被嘉靖封为九品吏目，徐长明被封为八品太医。

在这场长达三年的“大礼仪”之争中，朝中与嘉靖作对的大臣有的被贬官，有的被流放，更多的被杖毙。正直忠勇的李言闻为几位杖刑受伤的大臣疗伤，并且暗地里将杖刑致死“罪臣”张慎之子张行义收为养子，改名为李行义。这惹怒了蒋太妃，且被逐出京城。李言闻携李时珍和养子李行义回到家乡蕲州。