《D機關》原著開創全新間諜推理小說風潮,橫掃日本文壇。本片遠赴新加坡、印尼拍攝,豪華動作場面毫無遺漏!
二次大戰前,日本陸軍在結城中校(伊勢谷友介 飾)的力排眾議下,成立了間諜培訓學校「D機關」,所有成員都被灌輸了徹底否定軍人信條的三大戒律:「不准死」「不准殺人」「不准被抓」。這樣的組織自然成為他人的眼中釘,時時腹背受敵……
天才間諜嘉藤次郎(龜梨和也 飾),頭腦聰明身體能力出色,在「D機關」殘酷訓練後初次執行任務,目標是潛入名為「魔都」的國際都市,偷取美國大使的機密文件「黑筆記」。在這裡他遇上美國大使的愛人 琳(深田恭子 飾),和蘇聯、英國,甚至是和「D機關」對立的日本陸軍激進派展開戰鬥,之後更因為違背長官結城中校命令即將接受死刑懲處,他能否逆轉戰局?終極的鬥智之戰即將展開!