《拦截密码战》的故事发生在二战期间的英国。出色的密码破译专家汤姆·杰里科(道格瑞·史考特饰)供职于布雷切利园区的英国密码破译中心。工作的烦闷以及与女友克莱尔(塞芙隆·毕若斯饰)的分手,终于令沮丧的汤姆与傲慢的上司发生了冲突,随后汤姆被调离布雷切利园区。但不料一个月后,汤姆竟然又被调回了中心。原来,此时的布雷切利园区正陷入前所未有的困境:德军毫无预警地启用新的密码系统——称为“谜”的密码,这是德军最高指挥部的通讯密码,而盟军正准备把一批重要的军需物资运往英国,因此更改的密码需要在短时间内破译。时间十分紧迫,汤姆开始集中精力破译德军的新密码,他的助手正是克莱尔的室友海斯特·沃利斯(凯特·温斯莱特饰)。汤姆的心里还有另一个无法解开的谜:就在情报单位怀疑布雷切利园区可能有纳粹间谍渗透的同时,他心爱的女人克莱尔也离奇失踪了。为了解开心中的谜团,汤姆向海斯特求助。他们抢先特情局一步,对克莱尔神秘的生活展开调查。最后他们发现,整个事件的幕后竟牵扯着一连串国际间军事的机密与人心的相互背叛……