故事开场紧接着第一集的结尾,“金刚狼”罗根为了找回自己过去的记忆离开了X教授的学校,隐姓埋名前往艾卡里湖(Akali Lake)工业中心;另一边,人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像;万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。从表面上看这个世界似乎渐渐回复了正常,但是X战警们没有察觉到,在这个世界的黑暗深处,新的阴谋正在悄悄临近,包括富有正义感的X战警在内的变种人。在普通人眼中代表着社会新物种对旧人类的挑战与威胁,因此他们必须在充满歧视和敌意的环境里挣扎求存。人类总是对比自己强大的事物怀有戒心,变异人就面临这种情况。虽然在第一集中,变异人在X教授的指挥下,将邪恶的万磁王打入冷宫,但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后,所有的矛头又一次指向变异人。这一次,X教授也感到压力大增,以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将1军,率领着反对变异人的一联盟连续对x教授施压。万磁王在这种情况下,不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金刚狼的身世也将在本集中进一步揭开。