Mr.匠在和吉泽通电话时,告诉他,京介是他的孩子,对他最重要的人现在在他手里,并命令吉泽让京介来见他.而这时三九彻夜未归,电话又打不通,所以三九的父母来到了秘密间谍部.这时他们才知道原来对京介最重要的人是三九.而京介又下落不明,于是多萝西,来栖就在街上上演了一场闹剧,逼京介现身......  另一方面,三九在与Mr.匠的对话下知道了京介的真实身份......  京介一行人找到Mr.匠的秘密小岛，但是自卫队却因为马上到来的台风迟迟不肯答应帮助。京介、多萝西、雾山三人登上小岛之后，很快就被Mr.匠的人抓住并关在监狱里面。此时Mr.匠要求单独见见京介，要求京介做一个双面间谍。京介正在犹豫的时候，被押在这里的三九却告诉京介一个关于整个世界的重大秘密。