1898年9月21日，慈禧太后等发动戊戌政变，光绪帝被囚，戊戌变法失败，前后共历时103天，史称“百日维新”，1908年11月14日，光绪帝驾崩于慈禧太后死亡的前一天，享年三十八岁。

戊戌变法失败十二年后，宣统三年三月二十六日，永定河里内冲出一块石碑，冲到了正阳门外，碑文上的字被人拓了出来，字是古篆，上面写着“龙震离九，争时易乾坤”。此事被传开以后引起轰动，从字面上理解就是天下要易主的意思，这无疑就是谋反的先兆，身为大内总管的存清坐不住了，他推测可能有人会在芒种这一天起事，于是立即派人追查，得知这是有人在散步的谣言，但幕后之人无法查到，存清斟酌一番后断定有人在做谋反铺垫，他马上派人铺开调查，因芒种是二十四节气排行第九，他就命人排查与九相关的一切事宜。

天津大沽镇一家客栈内九人惨死，捕快王家洛闻讯后立即赶往现场勘察，探查出大部分死亡之人被毒杀，他在衣柜内发现一名幸存者林家静，她称死的人是她的叔叔婶婶和表哥一家人，她在日本留学，昨天跟刚跟他们从日本坐船回来，今天就遭遇不幸，今天早上她正在换衣服，就听到外面表哥尖叫，婶婶大喊快跑，她慌忙之下躲进衣柜才逃过一劫。

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王家洛综合信息分析，既是用毒高手，又是异族装扮，一定是那些棱西人，他立即决定追赶凶手，绝不能让他们在自己的手下逃脱，果然不久后他追到凶手们，正是棱西融天剑派。这些人并未将王家洛放在眼里，不料王家洛上手就除掉一人，他们这才重视起来，经过一番打斗，王家洛双拳难敌四手，他见势不妙只好诈死趴在河中躲过追杀。

大内总管存清整日聆听着各地收集来的信息，大部分都是无用信息，让他听得头痛，于是他想到了一人，就是被人称之为门三刀有伊尔根觉罗·穆青（秦俊杰饰），他是前光绪帝御前侍卫，因戊戌变法受到牵连。存清深知他的探案本领，以自由和恢复官职为诱惑，让他帮忙破案，穆青决定抓住这个机会重见天日。

一家赌场内，陈五输得精光，无奈之下他拿出一张当票想换三百两银票，却被别人嘲笑，因为当品只是一顶狗皮帽子，然而却有人真的出钱将其买走，此人正是融天剑派新任掌门卓不凡（刘宇宁饰）。而杀害从日本回来那九个人的带头大哥正是卓不凡的大师兄于焕杰，他们用本门的手法杀人让卓不凡有些生气，于焕杰称自己已经问出信息才是最重要的，从日本回来的九个人要在四月初三到上海法租界和一个从海外赶回来的人见面，这个人叫谭先。于焕杰身为大师兄，因为没有接任掌门而对卓不凡耿耿于怀，卓不凡为了不引起融天剑派的争斗而处处忍让，师娘却觉得他不该如此退让。

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存清与穆青聊起了净坛密藏的事，在明朝嘉靖年间有一个叫汪直的人，此人号称五峰船主，与日本人做走私生意多年，说他富可敌国也不为过，传说明朝末年，汪直留下来的财富被南少林的一个俗家弟子找到，但正值乱世，南少林就将密藏封锁起来，后来这笔财富就被后人称之为“净坛密藏”，存清上任大内总管后因国库空虚，曾经打过净坛密藏的主意，结果却一无所获，就在出现龙震离九的谣言之后，藏宝图却意外失踪了，他让穆青调查此事。