(49-54集) 政明遭诬蔑判乱之罪被处死前，托人将一封信交给睿珍表明爱意。并告知许浚，睿珍对其早已暗有情愫，使他恍然大悟。许母、多喜到张大夫处为良太提亲，谁知受拒绝外更被出言侮辱。右相成大人被调任为都提调大人，道知向其行礼时提及礼寿和许浚的事，自讨了尴尬。道知被指派负责诊治恭嫔弟弟金礼直的“口眼歪斜”症。同时间许浚亦在惠民署诊治同样病症。道知为能引人注意提高声望，故将治愈时间说长为七天。都提调到惠民署巡视时，重遇许浚时刚巧见到他正在医治“口眼歪斜”症，听到治愈时间只需三天后，心中对礼寿和道知都起怀疑。 礼植的病复发，成大人向医官确认礼植提早治愈的事，得知这是礼寿和道知想提高声望的做法。许浚在惠民署治好了患有口眼歪斜症的患者，成大人看过许浚在惠民署写的病历簿后，知道是礼寿夸大礼植的病情，感到非常生气。成大人命许浚进宫治疗礼植的病，许浚在看诊过程中不断受到礼寿和道知的阻挠。睿珍起用许浚写的处方，令道知感到不快。道知命医女世希拿酒到值班室，两人酒醉后发生关系。许浚治疗礼植期间，礼植多番不服从。许浚送上汤药时，礼植将其刺伤，此事被前来探望的恭嫔看见。 许浚为礼植送上汤药，却被其刺伤。许浚诊断出礼植有胃癌的征兆，而道知与礼寿只顾着治疗礼植的口眼歪斜症，并没有察觉此事。道知和礼寿为免受罚，劝说许浚将此事隐瞒，但都遭到了许浚的拒绝。看着淑贞为道知生下了女儿，多喜对流产的事仍耿耿于怀。许浚向皇上禀报了礼植患有胃癌的事情，并承诺在五天内将礼植的病治好。 浚向皇上承诺五天内治好礼植的胃癌，否则会受到斩掉双手的惩罚。礼植出现吐血现象，众人认为是病情恶化，但许浚却解释说是病情好转的迹象。当各人为许浚担心不己时，五天的期限已到，许浚被抓往内医院受罚。郑判官及惠民署众医官为许浚求情，睿珍甚至激动得晕倒过去。礼寿正想对许浚进行处罚，却传来了礼植痊愈的消息。皇上为了奖赏许浚及帮助治疗礼植的人，赐予了赐馔。 许浚治好了礼植的病，皇上和恭嫔娘娘高兴万分，分别下赐［赐馔］和一幢房子。恭嫔娘娘召见许浚家属，并希望许浚任医官，照顾两位皇子的玉体，在许浚的恳求下，恭嫔娘娘收回成命。光翼将尚华和秀延送到汉阳，叫许浚收尚华和秀延为都药使令和医女。御医大人为勉励许浚在任惠民署医官期间的功劳，破格提升许浚为正七品的[直长]职位。道知因为与医女私通款曲，而被派跟随使节团前往中国的别遣大夫。(55-60集) 对于道知被调往中国任别遣大夫一职，柳夫人和道知都认为是许浚个人所为，对许浚非常不满。许浚带着忌酒前往道知家拜祭义泰，却发现多喜在道知家做佣工，而且遭到柳夫人的打骂。柳夫人因为道知被降为别遣大夫而卧病不起，病情紧急，许浚为了报答义泰的教导之恩，决定前往道知家为柳夫人治病。 吴氏因为道知要被派遣到中国而过于悲伤，得了血崩病。睿珍到柳家探望吴氏时遇见许浚，许浚将吴氏拒绝他医治之事告知睿珍，睿珍请红春帮忙照顾吴氏。淑贞由于日夜守在吴氏身边，劳累过度病倒了。许浚说服吴氏，让他为吴氏治病。经过许浚和多喜悉心的照料，吴氏的病很快得已痊愈。吴氏亲自来到许家送礼致谢，多喜拒绝收取吴氏的礼物。中国的使节团将到访汉阳，内医院准备挑选医女服侍来使。 小贤和睿珍被挑选去服侍中国的使节。睿珍不愿意如艺妓般服侍来使，留下写给许浚的遗书后自杀。睿珍因抢救及时得已活命，而宫女却将睿珍的遗书交给尚宫，尚宫以此要挟睿珍就范。服侍来使当夜，睿珍用酸枣仁治好了来使的腹痛，得到皇上的嘉奖。皇上在狩猎时不慎堕马，许浚为皇上医治时重遇当年追捕他的裴天寿。天寿到惠民署找万庆叙旧，认出了许浚。 天寿将许浚当年所犯的罪行告知万庆，万庆不相信此事，但从许浚口中得到证实。天寿命人暗中调查许浚的身世及家属的情况，令许家上下忧虑不安。黄海道一带的瘟疫正迅速蔓延各地，许浚被派往疫区。万庆要天寿隐瞒许浚的罪行，天寿却执意赶往黄海道寻找许浚。由于疫病猖獗，需要惠民署选派医女增援，睿珍、彩仙等人被选中前往疫区。 一路追捕许浚的捕盗厅裴天寿在黄海道与许浚相遇，许浚坦言自己就是在平安道龙泉从事走私并与两班贵族的女儿深夜私奔的人。许浚向裴天寿请求，等到自己找到治愈怪疾的办法再捉他。怪疾扩散速度很快，许浚回想起山阴地区发生怪疾时，催促自己逃离的义泰，还有当时发誓冒死也要救百姓的自己，不免惭愧。许浚终于想出药方，百姓们服用后，脖子上的浮肿开始降下去，病情有了好转。这个消息也传到了礼寿的耳中。(61-66集) 道知担任别监医师时，从太恩那里得知母亲病危的消息却没有前往医治。后来他得知许浚医好了母亲的病，要给许浚送谢礼，但遭到许浚的婉拒。许浚告诉万景自己曾经参与走私、并与两班贵族的女儿结婚的事情。在捕盗厅，许浚将自己以往的罪过一一交代，并称自己为了弥补过失，会尽心为百姓治疗，这话让天寿左右为难。事态扩大，许浚被捕入狱。正当许浚在狱中万念俱灰之时，看见多喜也被士兵捉进监狱。 万景责备天寿捉许浚的事，天寿解释说因为内医院提督礼判大人的命令，自己也是迫于无奈。恭嫔得知许浚被捕入狱的消息，求宣祖看在许浚为百姓治疗怪疾、为王子们医治病患的份上赦免许浚。宣祖认为许浚功大于过，下令赦免。但众大臣纷纷上书问罪许浚，宣祖迫于压力只好同意捕盗厅将许浚押送到义禁府。恭嫔恳请宣祖饶恕许浚。仁嫔认为恭嫔是出于私人感情为许浚求情，干涉政务，发誓决不会轻饶恭嫔。 恭嫔患心痛病，负责治疗的礼寿无计可施，宣祖急命臣子将狱中的许浚宣进宫中。许浚用义泰曾经教给自己的针灸法医治，恭嫔终于脱离危险。许浚说心痛病是可致命的重病，不可有一丝马虎，宣祖将医治恭嫔的任务交给许浚。朝廷众臣却以许浚是犯人为由，向宣祖上诉不可让许浚承担王室的医疗。因为许浚治愈了恭嫔的病，宣祖有意赦免许浚，但担心众大臣又提出反对意见，所以擅自下达赦免许浚的御令，并宣告说若是有人不从，将被认为是对大王不忠。红春患了一种怪病，这种病只有与男人结婚才能治愈，周边的人纷纷劝红春与吾根结婚。 为了治愈恭嫔的病，小贤来到药材库，发现那里除了给仁嫔准备的药材，其它都是次等品。小贤请道知从仁嫔的药材中减一些给恭嫔熬制汤药，却遭拒绝。其它尚宫得知此事，纷纷嘲笑小贤。而尚宫殴打小贤的情形正好被恭嫔和许浚碰见。仁嫔以怀孕反应激烈为由，拒绝接见恭嫔，甚至都不出门看一眼。此时恭嫔才尝到失去宣祖宠爱的滋味，对以前自己深受宣祖宠幸时中宫殿的心情有所理解。恭嫔终于明白舍弃无味的欲望，心情会开心很多的道理，并将王子托付给许浚。另一方面，红春与吾根成婚，结束了医女生涯。 由道知负责诊疗的仁嫔之子信成君的肿瘤越来越严重，已经扩散到了脖子部位。道知担心自己治不好，因此，道知向礼寿提议应该将信成君交给许浚治疗。许浚和学徒一起查看信成君的患处，学徒担心这样会陷入道知的阴谋当中，便劝许浚不要接这一任务。许浚却固执己见，要亲自医治信成君。刚开始，许浚用手帮信成君挤脓时发现发脓的部位很深，决定用水蛭吸脓。许浚在信成君的每个患处都放了水蛭，信成君昏倒。仁嫔见到这一情形，大声喝斥许浚立即将水蛭拿开。许浚说只有这个办法才能医治好信成君得病，并坚持用水蛭吸脓，这让仁嫔愤怒不已。(67-70集) 许浚治好信成君身体里的脓疮，宣祖将许浚的官职提升到正三品堂上官，道知心中因此耿耿于怀。此时倭寇侵犯，釜山沦陷，朝廷大臣们为是否要逃难发生争执。有大臣以宣祖病重，而国中不能没有大王为由，提议将光海君册封为世子。仁嫔对此一口拒绝，大臣们威胁说宣祖大王也许可以躲过战乱，但世子却很难摆脱战乱的所带来得影响，因此应将活命放在第一位。大臣们劝仁嫔说世子是趁战乱匆忙册封的，根本就没有时间经过大明国的同意，因此应该退让一步为以后着想。 朝廷终于决定丢下京城避难，许浚主张应该将宫中的珍贵医书和疾病备忘录也带走。因为是避难，朝中没有一个人愿意将沉重的医书带出宫外… 浚在回家的路上被愤怒的百姓拦截。百姓将对不顾国家安危的大王和贵族们的愤怒，发泄在许浚身上。万景大声指责百姓，认不出一心一意为大家治病的许浚。此时，谦儿则赶往宫中寻找父亲，路上获悉宫中上下因为避难而逃到汉阳的消息，只好回家。谦儿对不顾家庭的父亲充满怨恨。等许浚赶到家中时，家人已经全都逃离，房间里却摆着冒着热气的饭菜。许浚在饭桌旁边发现了多喜留下的一张纸条，上面写着已经得知许浚已经跟随御驾逃离的消息，劝许浚不必为家人担忧，希望日后一家人能团聚。宣祖、仁嫔、光海君等人在天寿和其它官员的护卫下乘船逃离，百姓们看见这一情形个个都充满埋怨和愤怒。等到大王和大臣们的船渡过了河，天寿以担心倭寇也会渡江为由，将船只全部烧毁。岸边的百姓对此愤怒不已，一时之间，愤怒和恐惧笼罩全城… 谦儿和多喜经历千辛万苦来平壤城寻找许浚，被柳道知看见。柳道知告诉多喜，许浚自从背着内医院的医书，跟御驾离去后一直没有消息。多喜和谦儿回去之后，许浚一行背着医书来到平壤，杨礼寿对许浚说没有人会理解他的执着。仁嫔等人指责许浚，将医书看得比大王的龙体还重要，并说许浚是因为害怕所以才逃跑的。只有光海君对许浚的生还表示庆幸，并劝许浚赶紧去打听家人的下落。许浚找寻家人来到城外难民区，发现了正在吃手抓饭的衣衫褴褛的多喜和孙氏。谦儿露出埋怨的表情、躲避父亲许浚，多喜和孙氏对此大感惊讶，而许浚的心里也是很不好受。谦儿指责说，家里人在最艰苦的时候也是为父亲担忧，父亲却没有将家人的安危放在心里，只想着医术，一次都没有想过母亲和奶奶所受的苦难。 信成君发高烧病倒，宣祖大王责问柳道知当时拍案保证信成君可以平安到达义州之事。宣祖表示信成君若是出现什幺不测，他决不会放过道知。尽管道知百般努力，信成君还是未能逃过死亡，仁嫔和宣祖悲痛万分，道知被捕入狱。宣祖病危，光海君命许浚速去义州查看宣祖的病情。许浚对谦儿充满歉意，自责自己未能尽到为父的义务。许浚来到义州，发现宣祖的病情严重恶化，而且用于汤药的药材也时所剩无几。睿珍得知这一事情，想出了应急措施，立即赶往木炭窑精炼木草液。宣祖的病情稍微有了些转机，许浚以自己在来义州的路上被倭寇伤到右手为由，提出建议让柳道知为宣祖做针疗。因为许浚，柳道知得以离开监狱，帮宣祖诊脉。 祖的病势有了好转，许浚得到宣祖赞赏，许浚却将功劳推给道知的针疗。宣祖欲以信成君之死问罪道知，因为许浚在旁再三恳求，决定不再追究道知的责任。从宣祖的殿中出来后，道知向许浚下跪言谢，请求他原谅自己以往所犯下的过错。许浚称因为自己的原因，道知和父亲才会断绝父子关系，而且自己还阻碍了道知的仕途。许浚扶起道知，并提议两人都忘掉以往的一切，重新成为好朋友。吾根和睿珍为两人的重归于好而喜出望外。有了李舜臣、权栗和各地的义兵运动，叛乱终于被压，许浚更加专心于医书的编撰。战乱后遗症慢慢得到解决，宣祖大王奖赏再战乱中立下功劳的大臣。许浚被封为属于政丞官品的正一品保国崇禄大夫。反对派想通过撤掉对许浚的奖赏彻底颠覆这次的封赏，开始调查许浚的过去。(71-75集) 宣祖大王问睿珍是不是真的和许浚互相爱慕十几年。睿珍含泪称自己从心底里尊敬和恋慕许浚，但从未将此事告知他人，将来也不会泄漏此事。宣祖大王被睿珍的真情打动，不顾大臣们的上诉，将许浚任命为正一品保国崇禄大夫。宣祖39年，中宫殿仁穆王后产下医子，宣祖和部分大臣大喜。世子光海君和世子嫔以及其亲信大臣们却露出了失望的表情。道知向许浚告诫，王后产下王子后，后宫所生的光海君将难保世子之位，朝廷大臣也会在王位继承人选的问题上出现分歧，因此若是不明确自己的立场，会成为政治斗争的牺牲品。许浚却觉得，身为医官应该尽职尽责，不应管政治等其它东西，这让道知郁闷不已。此时，财政出现危机，朝廷中断提供医书编撰所需的资金。许浚同时接到永昌大君中风、光海君犯头痛病的消息，为究竟要先去医治谁的病而犹豫。 许浚为了医好光海君所患的疟疾，命人用砒霜、食盐和雨水制一种叫辛石水母的汤药。许浚将药端到光海君处，明杰用银制品沾取药水，银制品马上变成了黑色。光海君和世子嫔大惊失色，许浚解释说只要处方得当，毒药也可以变成良药。许浚恳请光海君服用汤药，光海君经过一番思想斗争，不顾旁人反对喝下了汤药。众医官威胁说若是光海君身体出现不适，熬制汤药的吾根也将难逃干系，这让吾根焦虑万分。光海君一方认为许浚已与永昌大君勾结，不少人都主张惩治许浚。光海君的病况看起来越来越严重，每个人手里都捏着一把汗。属于光海君的对立方的孔良和成弼见许浚给光海君开了放由砒霜的药方，暗暗密谋用增加汤药的砒霜量的方法杀害世子光海君，并将责任推给许浚。当道知将加入多量砒霜的汤药端到光海君处事，光海君正好从昏迷状态中醒来。许浚十分感激光海君对自己的信任，并考虑到光海君的身体虚弱，改用补气滋阳的汤药。大王的病情加重，已经很难治愈，朝廷大臣们却只顾议论光海君和永昌大君的王位继承问题。 祖病势加重，永昌大君的近臣成弼等人恳请大王废后宫所生的世子，让大君继承王位。宣祖认为让刚满三岁的永昌大君继承王位会引起朝廷骚动，因此决定让光海君继承王位。成弼和孔良等人试图堵住大殿内医女和御医两人的嘴，阻止光海君登上王位。两人威胁许浚，称大王逝世的话，其主管御医都很难摆脱干系，因此只要许浚装做什幺都不知道，永昌大君就肯定不会忘了他的功劳。许浚称这样搞阴谋会坏了宗庙社稷，拒绝与他们同流合污。这时宣祖大王逝世，未留下遗诏。许浚因未能医好大王的病，被流放到南方。 浚被流放到南方，禁止他跟外人接触，并不得以任何理由离开流放地。一名男子来找许浚，称早已知道许浚曾经是御医，请求他救救生病的母亲。许浚以自己是被流放的罪人为由拒绝行医，但最终还是未能对病人不管不顾。病人痊愈，村子里的人获知这一消息后，纷纷来找许浚看病。许浚一再拒绝为人看病，但百姓们再三恳求，并称决不会向外部泄露这一事情。这时官衙的士兵突然来到。因为士兵头目的夫人也是有病在身，再加上百姓们得恳求，许浚得到默允为病人治病。另一方面，道知将医书和内医院的研究资料寄给许浚，命他继续撰写医书。许浚终于完成医书的撰写，将此书命名为《东医宝鉴》。光海君见许浚在流放地撰写医书，完成医书体系，赦免了他，并希望许浚重回汉阳。许浚不顾大王的挽回，回到故乡承继师父柳义泰的药房，从事单纯的医疗和著述工作。村里开始流行怪疾，许浚不顾自身安危救治病人，不幸染上怪疾。许浚将药材全部让给其它病人，耽误了自己的病情，在救人时不幸病逝。睿珍站在许浚的坟前流下伤心的泪。