在东京大田区位于羽田机场附近的街区有家旧书店名叫“九十九堂”，店主是九十九樱。旧书店的深处有一间休息室，在那里，阿樱为无处可去的顾客们提供免费的亲子饭。离家出走的少女二宫浅见每天与正木理惠等人做着不法行为，昏昏噩噩地打发着日子。

这天晚上，她们为躲避坏人逃到公园。就在二人腹内空空时，理惠想起听说附近有个免费吃亲子饭的地方，于是她们找到九十九堂。在休息室里有从少年院出来后为帮妹妹实现偶像梦而努力工作的君冢达也，有擅长画画却患有人际交往困难症的玉轩玄，还有不良少年和孤独症患者。对于突然到访的浅见和理惠，阿樱并不深究她们的来历，而是端出温暖的亲子饭。但当浅见提出借宿一晚时，阿樱却断然回绝了。浅见被亲子饭的美味感动，偶尔还会来休息室。

这天，在休息室，她向达也说了自己的身世。她一岁时差点被生母所害，是一个高中生服务员救了她，但那个少年却受连累被杀。听到这话，阿樱呆呆地僵立在那里。实际上，阿樱的儿子正是因卷入那个案件而死的。