即使付出了多人的牺牲，战争还是没有结束。芙蕾离开主天使号，受到那份对煌的割舍不下的感情牵引，卷入了自由钢弹与天帝钢弹的死斗中。然后，在煌的面前，被拉乌的无情之刃所杀死。在无法守护自己想守护的人的悔恨中，煌看到了芙蕾的幻影。芙蕾的灵魂终于在结束的时刻与煌融合了吗…。另一方面，萨拉下令创世纪瞄准攻击地球。扎夫特军中出现了试图停止其疯狂行动的人士。正好在此时，阿斯兰与卡佳理一起闯进雅金.杜威，想阻止父亲的凶行。但是他们到场后，却目击到萨拉被士官枪杀的场面。萨拉咽下最后一口之前，依然不停诅咒着自然人。然而他的死，并无法停止失控的事态。雅金的自爆，连带启动了创世纪。阿斯兰单身闯入让核引擎失控，摧毁整个创世纪。行动后阿斯兰本想同归于尽，却被卡佳里制止，一同逃出。同一时刻，煌与拉乌在死斗之后，两人同归于尽。而在扎夫特方面，旧克莱因派发出停战的呼吁，和平之路似乎已经开启。阿斯兰看着战场凄凉的遗迹，内心深深感到绝望。这时候，小鸟飞向宇宙了。它飞向化成残骸的自由钢弹的机体。在那里，有煌的身影…希望并没有消失啊。