为了取回失去的一切，爱力克兄弟长久以来追求的『贤者之石』。那是牺牲许多人的生命而制造出来的东西。这个冲击性的事实真相几乎让爱德华崩溃，但是他还是决定要探究马可留下的笔记「真实的深处的深处」的真意。