一辆火车撞上了一辆停在铁路上的校车，司机死亡。根据司机的妻子，司机为包校车安全，开起了气囊，谁知，那辆校车却是空的。看来是一场蓄意的火车事故。和以往的一些火车事故现场一样，犯案者留下一张满是数字的字条，却没人能破译。经过FBI的简单调查，这个犯案者已经利用铁路系统的漏洞引起了多起事故，造成了不少伤亡。某人打来电话说他无意中拍摄到了这起事故，FBI们立刻去看了录像，并审问了某人。接着，从录像带里，他们发现了一伙人从出事的火车里偷东西。FBI们查出了小偷们的车牌号，准备逮捕他们，却发现他们已经被杀。犯案者打来电话，嘲笑Don，并且发誓要揭露铁路系统肮脏的一切。另一边，Charlie和Amita去了火车博物馆，在解说员那里得知了一些信息。Don根据死了的小偷而发现了某个秘密组织，FTAR；他们也有了一个嫌疑人，Horizontal Bob。Charlie和Amita也开始有一点点爱意萌生。同时，他们也破译了那张数字纸条...究竟是怎么回事？铁路系统的肮脏又指的是什么？