三号机运到后，美里也前往松代指挥启动实验，但她没能告诉真嗣有关东治的事。实验中，三号机失控，原因是被第十三使徒寄生。EVA三机出动拦截使徒，零号与二号机相继被击败。真嗣得知三号机内有驾驶员后拒绝执行任务。于是元渡命令打开初号机的模拟作战系统，将三号机撕成了碎片……