世界各地的重要人士不断遭到杀害，各国情报组织却只有极少的线索，Weiβ决定潜入可能跟事件有关的一所菁英培育学校恒娅学园进行调查工作。恒娅学园与周边设施自成一个社区，表面上在学园掌权的是稻桓总主任和特别班级G班的优秀学生藤堂，但是背后似乎有更大的无形势力在操控。榭那和兰混进学园的不久，发现学校用电脑保护程式替学生进行洗脑的工程，但更进一步的资讯则藏在层层保护下的神秘特别班级……