被帝国星人雷奥尼克斯打败并毁掉格斗仪的美菲拉斯星人雷奥尼克斯无助地漂泊着，突然发现了一把插于地上的纯黑色的剑，拔剑，穿上铠甲，他变成了暗黑美菲拉斯。另一方面，在初次见到镖形物体的时候已经疑心的隐岐终于确认那是赛文奥特曼的头镖，这一结果震惊了众人。此时，头镖发出光芒呼唤雷。顺着呼唤的指引，盘龙号进发的途中遇到了暗黑美菲拉斯并被击落。雷变为雷奥尼克斯形态持头镖与其展开格斗，却受伤被打落山崖。外出寻找雷的众人救起了他，并从与暗黑美菲拉斯的对战中知晓一切的雷口中得知了暗黑铠甲的事情。雷不顾受伤的身体执意前往呼唤的地点。于是BOSS做出了熊野留守并修理飞船，其余人分乘两架急速号前往的决定。在暗黑铠甲的封印地，暗黑美菲拉斯再次遭遇了帝国星人，但自大的帝国星人和其所召唤出的亚利盖拉却被获得邪恶力量的暗黑美菲拉斯瞬秒。暗黑美菲拉斯解开了封印，不想被暗黑铠甲卸磨杀驴(虽然惨叫，但是没有死，13集中再度出现）。众人赶到后，雷召唤出哥莫拉与利特拉战斗，可是在超乎想象强大的暗黑铠甲面前速败。关键时刻，熊野驾驶修理完毕的盘龙号前来支援，但似乎完全无效。此时雷拿出头镖向暗黑铠甲掷去，将其右眼打开一个缺口，众人惊讶的发现里面是被吸收的赛文奥特曼。赛文奥特曼的意识制约住了暗黑铠甲的行动，哥莫拉则发出了超振动波……最后赛文能否成功脱困？他托付给雷的东西又是什么？

看点：

解开前文谜团的一集，剧情开始逐渐明朗化！

暗黑铠甲的强大有目共睹，但与其对战的哥莫拉也表现出了不俗实力！

大怪兽格斗系列作品中的第二位奥特战士出场，奥特兄弟里的眼镜哥、怪兽使、飞镖男赛文，强力参上！

登场怪兽：宇宙有翼怪兽亚利盖拉暗黑魔铠装暗黑铠甲 帝国星人 美菲拉斯星人 古代怪兽哥莫拉 原始怪鸟利特拉 胶囊怪兽米克拉斯