小智等人奉空木博士所托的使命，从海洋研究所的成美手中得到了神奇宝贝的蛋。小智抱着这个从白银山禁猎区被盗出的蛋，小心翼翼的搬运着。然而，毫无预警的，蛋裂开了。里面生出了某种东西！「传说的神奇宝贝要诞生了吗!?」一行人摒息以待。里面出现的，原来是发抖的由基拉。小智等人察觉由基拉状况不对，马上带去神奇宝贝中心治疗，可是却没有改善，由基拉的体温不断的下降。感受到由基拉命在旦夕的小智等人，使尽各种手段照顾，但是由基拉还是一直呻吟。那个晚上，小智抱着由基拉睡觉，做了一个奇怪的梦。