为了救出妆裕，总一郎和月拿着笔记本前往日村指定的地点。模木等人也按尼亚的指示，伺机闯入现场支援。月、总一郎与日村对峙。就月将死亡笔记交给日村的一瞬间，总一郎去救妆裕，而与此同时，尼亚的身体发生变化，尼亚的另一个人格梅洛占据了身体，而梅洛便是操纵日村的幕后主使者。梅洛支走了特种部队，带手下控制了模木等人，就这样，日村一伙从月手中顺利夺走笔记本。但是，月仍想利用这种形势夺回笔记本并计划了周密的作战方案。根据妹妹的证言，月知道了日村一伙中某人的真实身份。他指示海砂和魅上照追踪那伙人。

死亡笔记被抢走，基拉对策室陷入山穷水尽的境地，不过，有人自称“基拉”打来电话，告知了日村的藏身处。总一郎对那人提供的情报的真假心存疑虑，而月却极力主张立刻行动，最后，束手无策的基拉对策室只能按这个线索追捕日村、梅洛。

果然，警方抓住了梅洛，但日村下落不明。然而，正当身为检察官的魅上照打算利用提审梅洛的机会发现她的真名时，梅洛却逃跑了。月的计划被打乱。

另一方面，L死后，总一郎总觉得月的言行十分可疑，他看了渡拿出的L遗留的录像后得知，现在发生的一切都在L的计划之中。

在魅上照的帮助下，月成功地让日村拱手交出死亡笔记本。黑色死亡笔记本失而复得，就在月激动万分之时，背后传来总一郎的声音。

儿子是基拉的事实让总一郎心痛不已，为了让月幡然悔悟，他毅然在笔记本上写下自己的名字。