美国海军科罗拉多号弹道导弹核潜艇性能优异、火力强大，堪称完美的战争机器。它载有18枚多弹头核导弹，足以震慑任何强大的对手。科罗拉多号由实战经验丰富的海军上校Marcus Chaplin负责指挥，他耿直善良，有正义感，从不屈服于任何压力。与之相反，美军的高级将领们只会一天到晚围绕在总统左右溜须拍马，曲意逢迎。现在总统面临弹劾危机，将领们的命运也发生巨变——有的辞职，有的观望，还有的站到了总统的对立面。国内的政治斗争本来和科罗拉多号上的官兵没有多少关系，但一条可疑的指令改变了一切——这条来自加密通讯频道的指令命令科罗拉多号从南极洲的停靠点向巴基斯坦境内发射核导弹。Chaplin的第一反应就是要求国防部副部长确认指令，但副部长竟出人意料地解除了Chaplin的职务，让副指挥官Sam Kendal接管科罗拉多号。尽管Kendal是一名忠诚的军人，在家乡还有一个美丽的爱妻，但他和Chaplin一样不愿意杀害无辜的人。美军精锐的太平洋舰队立即向科罗拉多号开火，艇上的官兵差点全都葬身鱼腹。

美国政府内部通报称科罗拉多号已经叛变，要求舰队不遗余力地继续追击他们。走投无路的情况下，科罗拉多号只好转向太平洋腹地的圣玛丽娜岛寻求避难——北约组织早年曾在这里设立预警监听站。但这些军人的麻烦还远没有结束：圣玛丽娜岛上土著居民的「镇长」Julian Serrat对这群突如其来的入侵者十分反感，而艇上的海豹突击队军官James King似乎正在执行一项Chaplin和Kendal都不知道的绝密任务。

另一方面，美国政府却对世人宣称巴基斯坦政府攻击了科罗拉多号，唯有军火承包商Kylie Sinclair不相信政府的鬼话——她的「消息源」向她证实官方的说法并非真相。她带着疑问去找Arthur Shepard将军，Shepard将军也同意她的观点——因为他的女儿Grace就在科罗拉多号上服役。

从这一刻开始，这个令人费解的阴谋将推动世界格局发生巨变。