迈克尔-斯科菲尔德(Michael Scofield)终于逃出了索纳(Sona)监狱，他随即展开了一场复仇行动。在剧中，他给某人写了一封信，在信中他警告说他将会让公司(The Company)为他们的所作所为付出代价。“今天就是你们的祭日，”斯科菲尔德在信中写到。在洛杉矶，他眼见着格雷奇恩(Gretchen)和惠斯勒(Whistler)从一辆由马洪(Mahone)驾驶的豪华轿车中钻出来，并且进入了罗斯福饭店。在乔装打扮成一个侍者后，迈克尔走向了这群夺走了他一切的混蛋们。随后，惠斯勒跟一个男人做了笔5千万美元的买卖，而买卖的对象则是一枚对公司有着非比寻常价值的计算机存储卡，拿到卡以后惠斯勒便杀了可怜的卖方。在惠斯勒正准备逃走之际，一直尾随的迈克尔出面制服了他。在格雷奇恩进来查看到底发生了什么的时候迈克尔用枪瞄准了她，她告诉他说萨拉(Sara)仍然活着。在警察赶到的时候，三个人跑出了旅店。但是在迈克尔问出萨拉下落之前其他俩人却早已逃之夭夭了。格雷奇恩与她的一名上司在沙漠中会面了，他告诉她说这枚存储卡其实是个复制品。他从车上招来了杀手怀亚特(Wyatt)，但格雷奇恩随即跟他做了笔交易保全了她的小命。迈克尔打来电话的时候林肯(Lincoln)，索菲亚(Sofia)，和LJ三人依然在巴拿马。林肯告诉迈克尔说索纳监狱在一场骚乱之中给烧成了平地。T-Bag, 苏克雷(Sucre)，和贝里克(Bellick)三人下落不明。迈克尔拒绝跟他的亲人见面，因为他得找出关于萨拉的真相。迈克尔接到一条来自Goldfinch.net的信息，对方称他知道有关萨拉的事情。当他赶到会面地点的时候，他发现这个人其实是马洪，而事实上则是惠斯勒想跟迈克尔谈点事。惠斯勒让迈克尔潜入一个安保措施严密的地点并且帮他搞到那张存储卡的原件。马洪说格雷奇恩已经死了，惠斯勒对迈克尔说萨拉现在在芝加哥并且身处险境。这时怀亚特现身了，并且冲着正在说话的惠斯勒的脑门送了颗子弹。在迈克尔和马洪寻找掩体的时候，怀亚特从惠斯勒的口袋里搜出了那张存储卡。T-Bag在睡过了Lechero的前女友，也就是索纳监狱里的“修女”之后便去投奔迈克尔了。同时，身处巴拿马的三人众在一条小巷内被一位疑似来自公司的男人给截住了。林肯一马当先出手撂倒了他，随后警察出现了，林肯随即投降而另外两人跑走了。另一方面，怀亚特闯入了马洪的家并且挟持了他的妻子潘(Pam)，逼迫她说出他想要知道的事情。迈克尔准备打电话找萨拉的时候却被认出他的警察打断了。在警察局，他见到了国家安全局的特工唐-塞尔夫(Don Self)，他许诺在迈克尔拿到公司的存储卡之后会给他自由，因为这张卡里有着公司不可告人的内幕。马洪回到家的时候却被警察拦在门口，警察告诉他说如果他进去了，他一定会后悔的。不用说，潘的死相一定异常凄惨。苏克雷和贝里克在一家医院被警察逮到，当时苏克雷正见他女儿第一面。唐让迈克尔召集他所需的人手以便能完成这项行动，于是林肯，苏克雷，贝里克和马洪又跟他见面了。当众人正准备商讨有关行动的细节的时候，唐又告诉大家说布鲁斯-本内特(Bruce Bennett)保释了所有人。他将迈克尔引到了萨拉所在之处，两人立马干柴烈火地激情拥抱。在单独相处的时候，她给迈克尔看了她在公司遭受折磨时留下的疤痕，两人正准备你侬我侬之时怀亚特又不识时务地持枪冲入了他们的房间。在逃跑的过程中他们落下了林肯。随后迈克尔给唐打电话说他们同意做这单生意。看起来他们跟公司的恩恩怨怨又要纠葛不清了。