Macross城在SDF-1上重建起来。它的居民们，包括Rick Hunter和Minmay，试着重新开始他们的生活。但是这个努力又破灭了。Gloval舰长就在准备对付逼近的天顶星舰队时发现了怎样将SDF-1转换成机器人外形。人类击退了敌人，但又一次面临巨大的损毁的恢复工作。